Начну с главного.
Гостевая система:
[mkv@web ~]$ uname -r 3.12.8-1-ARCH
VirtualBox 4.3.6-91406
Не уверен, но мне кажется, что это началось после увеличения динамического диска. Сначала гостевой арч отказывался видеть увеличенный объем (какой-то глюк, пришлось создавать новый диск и в него копировать разделы), а потом (после нескольких перезагрузок) вылезло это:
Fast TSC calibration failed